Armé una demo de un sortable que contiene a otros tres sortables. Hace un tiempo había hecho la misma prueba pero con prototype+scriptaculus, la verdad que es mucho mas transparente con mootools y el código queda mucho mas limpio:
var master = new Sortables('master', { handle: 'span'});
var mySortables = new Sortables([$('lista_A'), $('lista_B'), $('lista_C')], {
cloneOpacity: 0.4,
elementOpacity: 0.8
});
La demo está funcionando en opera, safari, firefox, iexplorer y camino sin tener que hacer ningún hack por el browser; mootools se encarga solito!
En la demo se pueden dragear los items dentro de una misma lista, entre las listas y también se puede hacer un drag desde la parte naranja para intercambiar una lista completa con otra.
Esta es otra demo que encontré pero usa scriptaculus.